中國-塔吉克斯坦中醫藥中心為國家中醫藥管理局國際合作司中醫藥國際合作專項（中心類項目）。該中心項目旨在貫徹落實全國中醫藥大會、《中共中央國務院關于促進中醫藥傳承創新發展的意見》及《中醫藥“一帶一路”發展規劃（2016-2020）》的具體任務，履行對外承諾，服務國家總體外交，實施一批重點示范性對外合作項目，落實中醫藥國際政府間醫療保健、教育培訓、科學研究、產業合作和文化交流，促進中醫藥文化國際傳播，推動中醫藥服務貿易發展。
本中心由成都中醫藥大學聯合塔吉克斯坦國家傳統醫學中心在塔吉克斯坦杜尚別進行建設。